昆医附二院创建于1952年，原名昆明市工人医院，1962年更名为昆明医学院第二附属医院，2000年挂牌昆明医学院第二临床学院。现已发展成一所科室齐全、名医荟萃、设备精良、技术力量雄厚的集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型综合性医院，是卫生部首批评定的“三级甲等医院”、“全国百佳医院”和国际紧急救援中心（SOS）网络医院及省、市医保首批定点医院。医院现有编制病床1200张，实际开放病床933张，病床使用率为130.4%，年门诊病人50余万人次，年住院病人3万余人次，年手术量达1.5万台次，平均住院日为12.8天。

昆医附二院现有在编职工1447人，其中教授、副教授292人,博士、硕士研究生导师74人，博士26人，硕士176人，省级学会专科分会主任委员22人，中华医学会专业委员会委员42人，享受国务院特殊津贴12人，获云南省有突出贡献的优秀专业技术人才10人，享受省政府特殊津贴7人，获全国卫生系统先进工作者称号2人，国外留学归来近200人。

昆医附二院设有53个临床和医技科室，为省内科室齐全的综合性医疗机构。拥有器官移植、肝胆胰、中西医结合、烧伤、亚低温治疗、康复医学6个省级研究中心；烧伤科、肝胆胰外科、泌尿外科、皮肤科、骨科、眼科6个云南省临床重点专科；冠心病基础、脑血管疾病、泌尿外科、红斑狼疮、护理学5个省级研究室；肝胆胰、烧伤、泌尿、微创、器官移植、危重医学、康复医学等学科步入了国内、省内领先行列；是国家药物临床试验基地（包括10个专业）、云南省化学中毒救治基地及住院医师规范化培训基地。

昆医附二院拥有10万元以上大型医疗设备近200台(套)，其中1.5T西门子核磁共振成像仪(MRI)、螺旋CT、数字减影血管造影机(DSA)、伽玛刀（头刀、体刀）、多尼尔碎石机、高压氧舱、氩氦刀、人工肝支持系统等大型先进设备。