昌吉回族自治州中医医院成立于1988年4月14日，它是在自治党委及政府的关怀和支持下，全部用地方财力建设起来的。它占地33858平方米，总建筑面积21738.9平方米，是以中医为主，西医、中西医结合三支力量齐备，集医疗、教学、科研、保健为一体的“三级乙等”中医医院，自治区小儿麻痹矫治手术、白内障复明、低视力复明定点医院，新疆医科大学实习医院。

昌吉州中医院有职能科室11个，临床科室8个，医技科室10个，设床220张，职工320人，专业技术人员占职工总数的84%，其中主任、副主任医师24名，主治（管）医、药、护、技师80名，年门诊量12万人次。

昌吉州中医院现有固定资产近2000万元，拥有日本岛津5000TX全身CT机，美国产电视腹腔镜、前列腺激光治疗仪、美国惠普HX彩色多普勒超声诊断仪、白内障超声乳化治疗仪、全自动生化分析仪、潘太克斯电子胃镜、 FX心脏检测工作站、24小时全息动态心电图仪、动态血压监测仪、血液透析机、体外震波碎石机、高压氧舱等各类中高档医疗设备56台（件），为正确诊断和治疗创造了条件。

昌吉州中医院在建设和发展中以邓小平建设有中国特色社会主义理论为指导，坚持实事求是，一切从实际出发的原则，围绕中心、突出重点、兼顾全局，以基础设施、基本设备、基本功能建设为主，以提高医院技术水平为出发点，狠抓技术质量。

昌吉州中医院立足三优服务，放眼三个第一（信誉第一、质量第一、服务第一），一手抓科学管理、一手抓人才设备，充分调动各方面积极因素，发挥“人才、设备、服务”功能，强化管理意识，加强医院的软硬件建设，建立健全全面质量管理的组织领导体系，将全面质量管理法的计划、实施、检查、总结用于医疗技术的管理，实现了病历书写规格化、辩证论治规范化、技术操作标准化和医疗指标数据化。