牡丹江红旗医院始建于1945年，是省属综合性医院，卫生部批准的三级甲等医院。建院60年来，医院从无到有，从小到大，现已发展成为黑龙江省东部地区医疗、教学、科研中心。牡丹江红旗医院占地面积84374平方米，建筑面积44279平方米。开设床位700张，设有住院部；第一分院、眼病中心；妇儿分院。

牡丹江红旗医院有在职职工969人，其中正高职66人、副高职147人、中级职称298人。有博士研究生3人；硕士研究生44人；在读博士研究生8人；硕士研究生56人；省级以上专业委员会委员50多人，能够开展各种介入疗法、冠状动脉造影术、经皮冠状动脉腔内成形术、支架植入术、植入永久性起博器安装、光子刀疗法、逆行胆胰管造影术、白内障超声乳化人工晶体植入术、准分子激光治疗近视、腔内汽化治疗前列腺增生症、小儿外科腹腔镜手术、甲状腺放射I131检查治疗、关节镜、宫腔镜、腹腔镜等的检查与治疗。

牡丹江红旗医院拥有两台全身螺旋CT、核磁共振、数字减影血管造影机、直线加速器、准分子激光治疗仪、眼底莹光照影机、眼底激光机、玻璃体切割机、前节激光治疗机、超声乳化白内障手术仪、电脑试光仪、非接触眼压计、X线数字胃肠机、CR、全身X-刀、钴60治疗机、体外震波碎石机、三台彩色超声、多普勒诊断仪、全自动生化分析仪、血液透析机、小儿高压氧舱、智能心电综合分析仪、肛肠外科手术治疗检查系统、前列腺汽化电切镜、膀胱镜、腹腔镜、宫腔镜、阴道镜、电子胃镜、肠镜、支气管镜、骨密度仪等医疗设备。

红旗医院始终坚持以病人为中心的办院宗旨，2003年投入使用了22000平方米的现代化临床教学大楼，宽敞明亮的就医环境、现代化的内部设施、雅致清新的庭院设计为病人提供了人性化的就医环境，能够满足各阶层人士的就医需求。牡丹江红旗医院先后荣获黑龙江省卫生系统先进集体、省卫生系统思想政治工作先进集体、省高校工委授予先进医院党委、牡丹江市文明单位标兵等荣誉称号，2004年医院成为首批全国百姓放心示范医院，未来的红旗医院将成为一流技术、一流设备、一流服务、一流管理、一流环境的现代化医院。 目前全院有职工1500余人，其中正高级职称37人，副高级职称170人，中级职称410人，博士30名，硕士241名，博士后2名，著名专家继承人12名，博士生导师、硕士生导师35人，享受国务院津贴专家8名，武汉市政府津贴专家8名。