上海胸科医院创建于1957年，为我国最早建立的集医疗、教学、科研为一体的，以诊治心、肺、食管、气管、纵隔疾病为主的专科医院，首任院长黄家驷，副院长兰锡纯、顾恺时。1957年起被卫生部指定为全国心胸外科进修基地，1988年起成为原上海第二医科大学

教学医院，1994年被评为三级甲等医院。2004年成为上海市红十字胸科医院，2005年成为上海交通大学附属胸科医院。医院先后获“全国卫生系统先进集体”、“上海市职业道德建设十佳单位”、“市文明单位”四连冠等殊荣。

上海胸科医院设有12个临床科室和10个医技科室；核定床位580张，有病区17个。附设上海市胸部肿瘤研究所。

上海胸科医院现有职工1000余名，其中正副主任医师105名、正副教授50余名、博士生导师、硕士生导师18名、享受国务院特殊津贴28名。

建院以来，医院创造了无数个“第一”。我国第一架鼓泡式人工心肺机的研制和应用；国内首创塑料无缝人造血管、毛绒型涤纶人造血管并应用于临床；自动快速心血管造影换片机及二尖瓣扩张器、动脉导管钳闭器的研制；国内第一株人体肺腺癌细胞株的建立；世界首例非血缘供体、成人单侧肺叶移植术；国内首例冠脉搭桥并行心脏瓣膜置换术；气管移植术、胸骨移植术以及各种气管术式的创新；并在国内医疗机构中第一个拥有高新技术转化园区及全国重点新产品证书。

上海胸科医院开展的单肺、双肺移植术，冠心搭桥术，心脏单、双瓣膜置换术及瓣膜成形术，各种心脏复杂畸形的诊治，各类肺、食管、气管、纵隔手术，各类心脏疾病的介入诊治，恶性心律失常和急性心肌梗塞的救治，气管镜的诊疗技术以及病理细胞、组织学检测等均居国内先进水平；肺癌的早期发现和综合治疗等居国际先进水平；还曾成功施行同种异体原位心脏移植术。建院以来，医院共施行各类心胸手术8万余例，心脏介入逾万例，每年收治的门急诊和住院病人逾15万人次，成功医治了数以万计的疑难重危病人。

上海胸科医院曾先后承担“六五”、“七五”、“八五”国家级重点科技攻关项目及上海市首批医学领先专业“胸心外科学”与“肺部肿瘤学”的研究；已获国家级、部级、市级等科技成果62项，科研奖项43项；获各类专利28项。目前医院正承担着国家重点学科、上海市肺部肿瘤学临床医学中心及上海市医学重点学科“胸外科”的建设；并承担着“十一五”、“863”等重大项目及多项国家、部、市、局级课题的研究。

上海胸科医院已举办全国心胸外科进修班36期，还每年承担多项国家级继续教育项目的培训任务。